يتكون الهيكل التنظيمي للمؤسسة من «مجلس إدارة المؤسسة»، الذي يتألف من رئيس (وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية أو من يمثله)، وعضوية (الأمين العام للمجلس العلمي الأعلى أو من يمثله)، ومدير الشؤون الإسلامية بوزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، ورئيس قسم القرآن الكريم بالوزارة، بالإضافة إلى أعضاء يعينهم وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية، يتعلق الأمر بثلاثة رؤساء مجالس علمية محلية، ورئيس الهيئة العلمية، وثلاث شخصيات علمية من المتخصصين في علوم القرآن، وثلاثة خبراء من المتخصصين في المعلوميات وفن الخطوط وفن الطباعة، بنسبة خبير واحد في كل مجال.
يختص مجلس إدارة المؤسسة، أساسا:
• تحديد التوجهات العامة للمؤسسة، واعتماد القرارات الضرورية لتنفيذها؛
• المصادقة على مشروع الهيكلة التنظيمية للمؤسسة؛
• المصادقة على البرنامج السنوي لأنشطة المؤسسة، وتحديد الإجراءات اللازمة لتطبيقه؛
• حصر ميزانية المؤسسة والمصادقة على حساباتها السنوية؛
• تحديد القواعد المطبقة على الصفاقات التي تبرمها المؤسسة؛
• المصادقة على مشاريع اتفاقيات التعاون التي تعتزم المؤسسة إبرامها؛
• المصادقة على التقرير السنوي الذي يقدمه مدير المؤسسة حول حصيلة نشاطها؛
• التداول بشأن قبول الهبات والوصايا؛
• البت في طلبات الترخيص بطبع المصحف الشريف وبنشره وبتوزيعه بناء على نتائج الدراسة التي تنجزها من أجل ذلك الهيئة العلمية المشار إليها في المادة 7 بعده؛
• القيام أو طلب القيام بجميع أعمال مراقبة نسخ المصحف الشريف الرائجة؛
• يمكن للمؤسسة أن تفوض لمؤسسات عامة أو خاصة عن طريق التعاقد وبعد موافقة مجلس الإدارة جزءا من مهامها في مجال الطبع والنشر والتسجيل والتوزيع تحت مراقبتها ومسؤوليته.