إلى جانب مجلس إدارة المؤسسة يتوفر هذا المرفق الديني المهم على إدارة يرأسها مدير،مهامه محددة بشكل واضح في الظهير المحدث للمؤسسة، ويمكن إجمالها في:
• تسيير شؤون المؤسسة وتنسيق أنشطتها والسهر على حسن سيرها ومباشرة جميع الأعمال والعمليات الهادفة إلى تحقيق أغراضها،
• اقتراح جدول أعمال اجتماعات المجلس،
• إعداد البرنامج السنوي لأنشطة المؤسسة والعمل على تنفيذه بعد المصادقة عليه من قبل مجلس الإدارة،
• السهر على تنفيذ قرارات وتوصيات مجلس الإدارة،
• تسيير مصالح المؤسسة وموظفيها الإداريين والتقنيين والمتعاقدين،
• إبرام جميع العقود والاتفاقيات اللازمة لتحقيق المؤسسة لأغراضها بتفويض من مجلس الإدارة،
• إعداد اتفاقيات التعاون وإبرامها بعض مصادقة مجلس الإدارة عليها،
• إعداد تقرير سنوي حول حصيلة نشاط المؤسسة وعرضه على مجلس الإدارة للمصادقة عليه،
• إعداد مشروع الهيكلة التنظيمية للمؤسسة وعرضه على مصادقة مجلس الإدارة،
• إعداد مشروع النظام الداخلي وعرضه على مصادقة مجلس الإدارة،
• السهر على احترام القوانين والأنظمة الجاري بها العمل والنظام الداخلي للمؤسسة و تمثيلها أمام القضاء وإزاء الدولة وكل الإدارات العامة والخاصة، والقيام بالإجراءات التحفظية اللازمة.
