بخصوص الجانب التمويلي، تتشكل ميزانية المؤسسة من مساهمة الدولة، وعوائد الأملاك المحبسة لفائدة المؤسسة، والإعانات التي تتلقاها من أي هيئة وطنية أو دولية خاصة كانت أو عامة، والعائدات المتأتية من محصول خدماتها، والهبات والوصايا. أما التنظيم المالي والمحاسبي للمؤسسة فتخضع فيه هذه الأخيرة للقرار المشترك بين وزيري الأوقاف والشؤون الإسلامية، والاقتصاد والمالية، في حين يتولى مندوب للحكومة، معين بمرسوم بناء على اقتراح وزير الاقتصاد والمالية، المراقبة المالية للدولة على المؤسسة.
